本校設立大一大二不分系基於兩個主要理念：（一）希望學生對於自己的學習性向以及未來生涯職場的適切性，有更多的認識後再選擇就讀的科系。（二）讓學生接受紮實的生醫科學、數據科學及基礎科學的訓練課程，在兩年的就讀期間具備紮實的基礎科學能力，以面對未來數位時代不斷推陳出新的科技發展，提升學生整合多元知識與跨領域對話的能力，進而讓學生在未來所選擇的領域中的競爭力加值。

但是，要提昇自己的競爭力，需要付出時間與努力。由於本系所提供的課程訓練相當充實而且嚴謹，學生在大一大二期間不易兼顧修習（好）他系課程，加上學生在大三分流出去的學系，有部分屬於臨床專業科系，這些科系的專業與實習課程繁重。因此，我們要提醒準備進入本系的考生，學生在分流之後進入這些臨床專業科系，延長修業年限是必要的。

學生在不分系接受完整的科學訓練之後，在大三前將依各自的能力和興趣分流至其所選擇的科系完成學業。我們認為前兩年完整的科學訓練，對於我們培育學生能力的目標是必要且無可分割的，因此入本系的考生，不鼓勵學生在修業期間提早以轉系的方式，轉至原本就列為我們分流目標的各系就讀。更何況，根據目前進入不分系學生的入學資格與能力，絕大多數的學生原本就可以直接進入各該科系，我們歡迎認同本系教育理念，願意接受挑戰以提昇自己競爭力的學生報考本系。

本系是為了培育新世代生醫科學領袖人才而創立的全新科系，希望扭轉大學教育僅為就業準備的社會觀感。我們與中央研究院攜手打造典範生醫人才的培育課程，包括了頂尖的人文通識教育、基礎科學的整合性教學以及適才適性的學生發展，讓學生能兼具紮實的基礎科學訓練與深厚的人文社會素養，並鼓勵與引導學生找到個人真正的志趣所在。待學生進入大三前，會依據學生的興趣、能力、以及對未來生涯規畫的需求，積極輔導學生適性選擇分流至包含生科、醫工、醫技、醫放、物治、護理、藥學、光電奈米等學系或學位學程，學生可以自由地選擇在生物醫學領域或是臨床專業繼續深造，完成大三大四的課程，並踏實地追求他們的人生目標。