國立陽明交通大學的前身為國立陽明醫學院，創始於1975年。創校宗旨即秉持校訓「真知力行、仁心仁術」之精神，培養深具愛心的優秀醫生下鄉服務，以解決偏遠地區之醫療問題。第一屆醫學系公費生於1982年畢業，由政府分發至各公立衛生醫療機構服務，陽明畢業生自此深入臺灣地區每一角落，成為國內基層醫療尖兵，並深受社會肯定，陽明醫學院也成功地完成了階段性的使命。
為培育新世代的醫學專業與尖端領域之研究人才，陽明醫學院在生物醫學領域逐步擴編，並於1994年奉核改名為「國立陽明交通大學」，成為國內第一所以醫學為主的綜合大學。其後陸續成立醫學技術暨工程學院、生命科學院、通識教育中心、護理學院、牙醫學院，2007年又奉准成立人文與社會科學學院。2008年元旦起，原署立宜蘭醫院改制為本校附設醫院，自此，陽明終能貫徹三十餘年來所秉持的醫療服務理念。
物理治療學系創立於1988年，創辦之初為復健醫學系，當時聘請臺北榮民總醫院復健醫學部主任徐道昌先生為兼任系主任，徐主任在教學、研究與臨床方面有多年經驗與傑出的表現，領導本系度過篳路藍縷的前四年。回顧二十年來我們學系從一年只招收二十五名同學的復健醫學系，到改名為物理治療學系，發展到成立研究所，再擴增到與復健科技輔具研究所合併，之後又有博士班的成立，這一路走來，實在是一個薪火相傳的接力過程，也可以說是由許多老師和前輩一位接著一位，一棒傳著一棒，用歲月和智慧灌注這個學系的成長過程，因此學系在發展二十多年之際，不能忘記我們過去歷史的發展，惟有這樣我們才知道現在走的方向是否正確，以及如何調整我們未來要走的路。本學系年序事蹟之沿革如下：

1988年份陽明大學成立復健醫學系。創辦之初，聘請臺北榮民總醫院復健醫學部主任徐道昌先生為兼任系主任，徐主任並委派榮總復健醫學部一般復健科主任劉作仁醫師及物理治療資深技師張梅蘭老師，負責實質的統籌、規劃與執行。

1990年份本系邀請美國紐約大學副教授凌汶博士回國擔任客座教授一年，協同系內王瑞瑤老師及蔡美文老師規劃系上課程，並建立臨床教育模式。。

1992年份奉教育部審核通過，本學系正名為「物理治療學系」。同年八月一日起，由本校教務長張仲明先生擔任本學系兼任系主任。張教務長兼系主任為促進本學系邁向國際化發展，於民國八十二年五月與美國紐約大學簽訂建教合作計劃，內容以雙方互邀教師參與講學、研究工作及再教育為主。

1994年份七月一日陽明醫學院改制為陽明大學，本學系隸屬於醫事技術學院。同年八月聘請本校校友－體育學院運動科學研究所所長陳俊忠教授返校服務，擔任本學系專任教授兼系主任，拓展本學系研究領域及研究經費來源。

1997年份本學系經由遴選，由王瑞瑤副教授擔任系主任一職。王瑞瑤教授在教學、研究與臨床方面有多年經驗及傑出的表現，領導本系在穩定中發展，王教授並委請李淑貞副教授協助籌畫成立「物理治療研究所」事宜。

2000年份奉教育部審核通過成立物理治療研究所，由王瑞瑤教授擔任系主任兼所長一職。設所之主要目標為：藉由科學的驗證，強化物理治療的理論基礎及作用機轉，以提昇物理治療師解決病人問題的能力，並擴展物理治療師在整個社會中的參與面及能力。

2005年份考量因應社會發展的需求及校內教學、研究、及服務資源之有效運用，本學系與復健科技輔具研究所開始洽商系所整併事宜。委由本學系王瑞瑤教授兼系主任與復健科技輔具研究所蔚順華教授兼所長共組工作團隊進行「物理治療系與復健科技輔具研究所合併計畫」。

2006年份四月一日本學系經由遴選，由蔚順華教授擔任本學系系主任。

2007年份八月一日物理治療學系與復健科技輔具研究所正式合併為物理治療學暨輔助科技學系，並由蔚順華教授擔任本學系系主任。同年成立物理治療暨輔助科技學系博士班。

2009年份七月一日本學系經由遴選，由楊雅如教授擔任本學系系主任。 十二月十一日本學系通過由高教中心所辦理之大學校院系所評鑑。

2013年分為培養高階物理治療專業醫療技術與行政領導人才，促進國內物理治療專業的實質發展，提升陽明大學物理治療教育躋身於國際之競爭能力，本學系經系務會議討論後決定變更大學部教育為「六年制物理治療學士學位Doctor of Physical Therapy(DPT)」學程，並委請王子娟老師協助規劃相關事宜。

2014年份十一月五日「六年制物理治療學士學位Doctor of Physical Therapy (DPT)」學程案通過本校教務會議審議，預計於105學年度開始招生。

2015年份依2015年的數據顯示學系中學生數分佈是大學部有180人、碩士班68人及博士班27人。在師資方面則是專任教授5名、副教授7名和助理教授3名。八月一日 本系經由遴選，由蔡美文副教授擔任系主任。