國立交通大學為國內電腦資訊理論與應用發展的先驅，培育了無數電腦資訊人才，本校有感於資訊管理的重要性，於民國七十六年於管理學院籌設研究所，民國78年奉准招收「第一屆資訊管理碩士班研究生」，更於民國83年招收「第一屆資訊管理博士班研究生」，為國內最早成立之資管博士班。民國88年為替企業培育人才成立在職專班，招收在職生。資訊管理研究所一直以培養資訊與管理全方位人才為矢志，學生除擁有資訊科技能力並具備專業管理素養，最重要的是擅用資訊管理技能推動資訊科技的運用，協助企業提昇經營成效與資源、尋找優勢與機會、進行完整策略規劃。   

財務金融研究所於民國91年成立碩士班，為隸屬管理學院中的一個獨立所，並招收第一屆碩士生。有鑑於社會需求，民國94年設立在職專班，吸引眾多園區中階幹部與主管在職進修，並實化交大鄰近園區的優勢。民國96年成立博士班，招收第一屆博士生，提供國內有志從事教學研究的學子持續深造的機會。 

蓬勃發展的資訊科技塑造出新的經濟型態，成功的企業無不強調資訊科技在客戶與市場導向的價值與創新，擁有數位經濟知識與資訊服務價值創造的跨領域人才是未來資訊科技產業的重點。同時，在我國政府戮力實行自由化與國際化之宏觀政策下，財務金融領域無疑是臺灣近年來發展最快速與不斷成長創新的一環。而隨著網際網路時代的來臨，新興資訊科技及數理方法已大量應用在財務管理上，成為世界趨勢。有鑑於此，國立交通大學管理學院在民國93年成立資訊與財金管理學系(以下簡稱資財系)，以培養兼具資訊科技能力的財務金融專業人才，以及具有基本財務金融知識的資訊管理人才。資財系設立之理念主要是規劃為資管所與財金所之共同大學部。為使資訊與財金成為焦點，借重資管所與財金所的師資，充分結合獨立所之師資與研究成果為一大學部之系列課程。

民國100年為了達到教學與研究的最大效益，校方與院方推動三系所的整合，合併資財系、資管所與財金所，以強調資管、財金與資財整合是未來重要的研究領域。三系所於民國102年正式整合後，正式更名為「資訊管理與財務金融學系」 (仍簡稱資財系)，藉以凸顯並強調「資訊管理」與「財務金融」雙領域之間的獨立性以及本系特有的跨領域整合性。整合後新架構中，大學部為一系資財系，研究所分成二碩士班二博士班：資訊管理碩士、博士班與財務金融碩士、博士班。大學部亦分成二組招生：資管組與財金組，資管組招收二類組學生，財金組招收一類組學生。