生物醫學工程為本校整體發展目標的五大發展主軸重點發展領域之一。本校自98學年度正式成立跨領域『生物醫學工程學分學程』，104學年度成立『生物醫學工程碩士學位學程』及 106學年度 成立 『醫學工程與復健科技產業博士學位學程』。

並於108 學年度成立『醫學工程學院』

本系設立宗旨：培育生物醫學與工程之跨領域專業人才 本系教育目標 培育具有專業技能的醫學工程人才 培育具有跨領域創新的醫學工程人才 本系核心能力 具備醫學工程之專業技能 具備團隊溝通合作之能力 具備自我終身學習之能力 堅守醫工倫理及相關法規"