學士班
一、培養物理治療師的專業能力
在培養物理治療師的專業能力方面，我們希望學生在畢業後能夠在各專業領域及各種職場提供物理治療服務，這些專業領域包括：神經物理治療、骨科物理治療、心肺物理治療、小兒物理治療、老人物理治療、運動傷害、科技輔具等，物理治療師服務的職場包括：醫院、診所、物理治療所、早期療育機構、特殊教育學校、縣市政府教育局、老人福利機構、身障福利機構、長期照護機構、運動團隊、健身中心、大學學術機構等。
二、促進物理治療的學術研究與發展
在促進物理治療學術的發展方面，本系擁有堅強的研究型師資，能夠帶領學生從事物理治療基礎與臨床的研究，發展不同的研究主題，讓物理治療學界能夠注入新的研究活力，我們希望學生在大學階段就能夠根據自己的興趣，培養研究能力，為物理治療學界培植未來的研究人才，畢業後繼續進修碩士及博士學位，促進物理治療的學術發展。
三、提升物理治療對於國民健康服務的貢獻
在提升物理治療對於國民健康服務的貢獻方面，本系協助中央及地方政府、社會福利服務機構，提供所需要的專業諮詢與服務。在醫療服務、身心障礙福利服務、老人福利服務、兒童福利服務等法規政策的研擬過程，提供專業意見及建議，發揮學術機構社會服務的功能。

碩士班
一、培育具國際觀且具實證操作能力的復健科學研究人才。
二、發展復健臨床與基礎科學結合的研究，提升復健科學的新知識。
三、整合巨觀到微觀的研究人才，創新復健科學的學術發展。