「特色計畫-不分系招生」為清華學院學士班的前身，原先設立於本校教務處轄下，旨在透過考試成績之外的「多元」標準，錄取在除在校成績、升學學科成績之外，其他領域表現優異的學生；後於104年8月1日(104學年度)正式改制為「清華學院學士班」，並移至清華學院下之教學單位。

前期以「不分系招生」自96學年度開始首開風氣之先，於大學甄選入學招生中招收體育績優生(體育組)；98學年首度招收音樂資優生(音樂組)等音樂專才；100學年增加美術資優生(美術組)等藝文人才，101學年度起增加「基礎科學組」；102學年度起增加「旭日組」，優先招收逆境向上的經濟弱勢學生；103學年度起增加「陸生」，首批不分系陸生已於103年9月抵臺修業；104學年度轉制為清華學院學士班(於本校教學單位清華學院下轄)，並新增「創新設計組」、「己組」(105年學年度更名為『創新領導組』)、「僑生」與「拾穗計畫-特殊選才」。首批不分系僑生已於104年9月抵臺修業；106學年度因應合校政策新增「跨領域教育組」；108學年度與國防部合作新增「國防菁英組」、因應教育部政策新增「青年儲蓄戶組」、亦因應教務政策招收第一位外籍生。