本系創立於1972年，2000年增設碩士班。創系最初著眼於本校具有鄰近故宮的區位優勢，於發展中國藝術史時，有延攬師資與教研素材的種種方便。首屆系主任為劉崇鋐教授，其後張元、廖伯源、雷家驥、王慶琳、黃兆強、張中訓、李聖光、林慈淑、盧令北等學者，先後執掌系務，目前系主任為楊俊峰副教授。本系目前講座教授1名，名譽教授1名，専任教師共10人，其中教授3名、副教授4名、助理教授3名，學生總人數（含碩士生）約265人。

本系亦長期聘任中央研究院、故宮博物院以及臺灣各大學知名學者擔任講席，並邀請北京大學、北京師範大學、復旦大學、華東師範大學及廣東中山大學等校教授至本系訪學或任客座教授，豐富本系的教學內容，並擴大學生的學術視野。

本系早年以藝術史課程聞名，近年來，持續開設歷史學系必要課程，旨在強化大學部、碩士班學生的多樣能力，包括閱讀、論述、文字書寫、口語表達以及整理、分析文獻資料的能力。2009年起，本系進行課程改革和再造，強調提升學生的歷史學專業素養，並建構公眾史學課群，培訓學生研究和應用歷史的能力。從2020年起，本系建構完善的實習制度，開設「史學與社會實踐」的實習課程，與近10家實習機構合作，讓學生所學有實踐的場域，為日後進入社會奠定基礎。目前本系規劃與故宮簽訂合作備用錄，未來將建立更密切的合作，以期充分發揮鄰近故宮之區域優勢。

除課程安排外，本系提供多元豐富的課程資源，例如，多元學習講座與史蹟踏查、工作坊與「史學與文獻研討會」等，2020年本系更進一步成立「東吳大學陶晉生院士歷史講座」，藉以延攬海內外重量級學者。本系在教學活動與資源的投入，也得到肯定，108學年度大一新生註冊率高達98.3%，為全校第一。
本系位於東吳大學外雙溪校區，地處北市近郊，依山傍水，鬧中取靜，內外環境俱優。學系提供系學會辦公室、學術會議室、研究生讀書室、師生討論室、圖書室等廣闊空間；外則鄰近故宮博物院、順益原住民博物館等文化機構，提供優質的讀書學習場所。