本系教育目標是培育能夠提供完備醫療照顧能力的醫師，這樣的醫師必須具備相當的人文素養及醫學倫理精神，並有豐富的醫學知識、良好的溝通能力及能利用科學方法解決問題，他(她)具有終身學習的態度，既是科學家也是社會的公民。

本系重視教學，設立課程委員會，由教師與學生共同參與。教學方法朝向多媒體和網路教學發展(如：MOOCs線上課程)，並增加問題導向學習（PBL）、團體導向學習（TBL）及小班教學方式，以培養學生主動學習和團隊合作精神。在薦送學生出國實習方面，目前交流學校如美國Duke、Brown、Pittsburgh University， 瑞士Bern University，日本Tsukuba、Miyazaki University， 泰國Mahidol、Chulalongkorn、Prince of Songkla University，新加坡國立大學、馬來西亞大學、香港及香港中文大學等等發展合作關係。

此外，亦著重於創新課程的規劃，例如：大體解剖學(含實驗)、組織學、胚胎學」課程整合：

1.為了增加學生學習的興趣、主動性、和方便性，醫學系引進數套3D立體解剖學資料庫，供學生自由下載使用，以協助重建實際3D的立體解剖結構。

2.在解剖實驗室旁，建立「臨床手術技能發展創新教室」。該教室配置11臺可升降及調整位置的解剖臺，模擬手術室的設備，提供學生結合解剖基礎知識和臨床實作培訓的訓練場所。

3.「創新教室」之3D圖像系統，可以連接到校內、外的任何教室/演講廳，影視資料可與國內、外其他教室同步即時通訊交流。

4.結合醫學院人工智慧虛擬實境(VR)教室的軟硬體資源，由修課學生共同參與VR教案設計，並於期末舉辦VR教案競賽3D Organan Anatomy 軟體可於手機/平板上操作，以層層堆疊的方式說明骨骼、肌肉、神經、血管的相對位置，搭配VR頭盔使用，學生可更身歷其境的瞭解人體解剖構造。