本系在95學年度通過了學士班工程及科技教育認證，97學年度研究所通過，並在101、107學年全面通過第二、三週期的認證。參與認證的意義何在?它如同業界的iso認證。它是讓你走出去，吸引外國人走進來的第一步。通過認證，代表系所具備一定的教育品質，不僅將有利於系所對國內外招生，其畢業生的學歷亦將受國際認可。
(1) 教學研究領域多元、兼顧均衡發展
本系將教學與研究規劃成四大領域：能源技術與程序系統工程、生物科技與工程、高分子材料與工程、半導體材料與工程。在教師聘任及貴重儀器添置上力求均衡發展。提升研發能量：增聘博士後研究員來充實人力，加強本系的研發深度。
(2) 學生專業知識與實作能力並重並培育優質領導人才
充實教學設備，延聘優良師資及專任助教協助實做課程，加強訓練學生實做能力及保育環境的道德良知。極力邀請外國學者蒞系專訪，拓展師生國際視野，並利用鄰近南科及科工區之優勢，聘請產業界人士開授實務性課程或擔任專題演講者。
(3) 推動本系國際化
通過國際認證，營造國際化之學習環境吸引國際學生就讀，鼓勵教師及學生出國參加研討會、學生短期海外研習、參訪學術機構、主辦國際研討會。
(4) 深耕產學合作
結合在地產業，提升產學/技轉績效，協助廠商技術升級。