學生所修習之基礎及核心課程，使得訓練由基本生物學概念延伸到分子生物層次的瞭解。嚴格的微生物學實驗課程及分生技術實習增進學生對研究設計、操作的熟悉與正確認知。因此，於進階課程中，本系設計諸多應用性課程以便學生應證之前所學基礎核心課程之理論，及發展植物病理與微生物專業領域。儘管如此，學生可自由選修其他科系所開設的課程、學程以及申請輔系，以建立更多元的知識領域。科系學生繼續深造者已遍佈各類生物相關領域，包括植物病理學、微生物學、植物科學、生物科技、分子生物學、生物化學、食品科技、生物醫學、微生物及免疫學等研究所。

本系以前瞻觀念及創新做法，培育具有微生物學與植物病理學學識之人才。將傳統與分生技術結合，推展符合當代潮流之學術研究，發揮農業應用之知識經濟策略。加強植物防檢疫、植物保護專業之養成，開發微生物資源寶藏及其應用價值等均為本系努力之方向，期能培育人才、貢獻所學、服務於社會。