教學目標除基礎昆蟲學之教學外，並提供分子生物學、生物技術在蟲害防治上應用。同時融入自然生態保育、衛生昆蟲及有用昆蟲等教學內容，培育高級科學人才，以應現代社會之需要。同時為配合教育部高等教育回流教育體系實施方案，特別規劃適合中小學教師的碩士學程，培育具備昆蟲學理論與應用知識人才，俾其貢獻所學教育學子。

研究室依教師所學專長計有13間，分別研究昆蟲之生理、生態、分類、病理、毒理、抗藥性管理、神經生物、發育生物、行為、遺傳進化、昆蟲保育、生物技術等。另設有學生實驗室、網室、溫室及昆蟲標本室等。儀器設備齊全，貴重儀器計有定溫設備、無菌操作室、生長控制箱、顯微及照相設備、超高速離心機、高壓殺菌器、切片機、光電色層分析器、薄層色層分析器、陰極射線電流曲線記錄器、心電描述器、呼吸測定器、酸鹼測定器、氣相層析儀等。

昆蟲標本之典藏始於1918年進行全島性之昆蟲採集，因而確立本系昆蟲標本館豐富典藏之基礎。目前除蒐藏日據時代之標本外，尚包含臺灣光復之後本系師生所採集，尤其是於1980年之後，國科會積極鼓勵本系師生從事臺灣昆蟲相之調查，因而昆蟲標本數量激增。目前蒐藏之標本已超過40萬隻，其中包括1055種、2140隻的模式標本，學術價值崇高。

近年來，由於社會繁榮及農業環境發生變化，作物及人畜病蟲害問題日益受到重視，加上目前國人及政府對環境保護、自然保育的重視，使得本系（所）發展的方向不再只偏重於農業之蟲害防治，同時也兼顧人畜、衛生害蟲、有用昆蟲之利用，及生物技術、環境污染及生態保育方面之研究與應用。教學與研究的發展重點如下：

加強基礎昆蟲學教學與研究，包括昆蟲系統分類與進化、昆蟲生理及行為之調適等方面。
增強蟲害診斷及檢疫防疫之實務性課程。
加強生物技術及分子生物學在昆蟲學之應用研究。
加強病媒昆蟲、殺蟲劑之殘毒、有用昆蟲、自然生態保育研究及生物資源之教學與研究。
配合全球氣候變遷，監測昆蟲對環境之影響程度。
加強蟲害發生生態與預測之研究及蟲害綜合防治技術之開發。
加強研究所高等教育，培訓昆蟲學之基礎及應用科技人才。