學士班(六年制)
專業能力、批判思考與終身學習 (Professional skills， critical thinking and life-long learning)
服務倫理與人文關懷 (Ethics and compassion)
專業之當責、自主與倡議領導能力(Accountability， autonomy and advocacy)
跨領域溝通的人際關係與團隊合作能力(multidisciplinary communication and Relationship)

學士班(四年制)
人文關懷(Compassion and caring)
服務倫理 (Health care ethics)
專業能力 (Professional skills)
批判思考 (Critical thinking)
團隊合作 (Teamwork)
終身學習 (Life-long learning)

碩士班
人文關懷(Compassion and caring)
專科知能(Knowledge and skills in specialty)
科學探究與研發(Scientific inquiry and invention)
團隊合作與領導(Teamwork and leadership)
國際觀(Global vision)

博士班 – 健康相關學研組
人文關懷(Compassion and caring)
教學與學術倫理(Education and academic ethics)
跨領域團隊合作與領導(Interdisciplinary collaboration and leadership)
創新研發(Innovation and invention)
國際觀(Global vision)

博士班 – 臨床物理治療組
人文關懷與服務倫理(Compassion caring and health care ethics)
專業與教學能力(Professional and teaching skill)
跨領域團隊合作與領導(Interdisciplinary collaboration and leadership)
創新與研究(Innovation and invention)
國際觀(Global vision)

為達成本系所之教育目標，本系所之辦學重視臨床教學與研究理論結合，並且強調物理治療之專科發展。本系所辦學特色如下：
引領專業發展，本系為全國第一所物理治療學系及研究所，105學年度起更推出六年制學士班，在教學研究與服務的規劃上，不只考量本系所發展，亦考量全臺灣物理治療專業的發展。
配合臺大成為世界百大名校的願景，積極追求卓越與國際化，推動國際交流。
透過多元的通識教育、社團服務與終身學習，達到全人教育的目標，培養學生寬廣視野。
理論與實務兼具之課程設計，臨床與教學並重，使學理與臨床應用結合，培養優秀物理治療師，回饋社會。
配合國家醫療政策，參與專業團體運作，加強臨床專業領域的開發，照顧民眾福址。
學士班六年制。
提昇政策倡議與團隊領導能力。
培養跨領域團隊合作與溝通協調能力。
加強臨床推理，培養專業技能，應用實證精神與終身學習，與個案互動並解決問題，以回應社會需要。
專注研究與研發能力，從個案問題出發，提出創新的解決方案。
培養多元場域的執業能力，強化物理治療專業為全面性健康照護產業。因應預防保健、健康促進、運動表現、積極治療、功能重建、長期照顧、安寧照護之需求，訓練具備篩選適合接受物理治療、預防與早期介入之能力，可進入醫療、社區、居家、特教、輔具、運動、職場等場域之物理治療專業人才。

（一）教學方面：

積極建立與推廣電腦與高速網路之各項運用，與他校合作，建立跨校教育資源分享及提供跨校專業課程。
擬成立物理治療研修中心，提供臨床物理治療師終生學習的機會，以加強專業臨床教師之培育。
建置數位學習網站及遠距教學，與國際名校合作建造全球性之學習環境。

（二）研究方面：

發展國內整合性、跨專業領域研究及國際性研究，並加強本土物理治療相關研究，以提升國內物理治療之學術研究達到世界之一流水準。
神經系統物理治療方面，能結合神經科學、電機及醫學工程學、復健醫學、社區醫學、長期照護等，進行疾病後動作代償控制機轉、神經網路、神經科技輔具、及身心障礙者社區醫學等研究；並與肌肉骨骼物理治療及臨床醫學結合，成立整合性動作科學研究群。
肌肉骨骼系統物理治療方面，能結合運動科學、機械力學、人因工程學、電機工程學、動作控制學等相關領域，進行異常動作分析與力學研、肌肉骨骼疾病物理治療成本與療效分析、人因工程與職業傷害研究，使本系所成為國家級運動傷害、職業傷害、退化性關節疾患之防治及健康政策與健保制度諮詢中心。
小兒物理治療方面，能與兒童療育、兒童發展、醫學工程與特殊教育等領域相結合，朝向兒童正常與異常動作發展、各類發展量表之應用、高危險群與發展遲緩兒童早期療育、科技輔具相關理論與方法，及參與規畫國內良好之早期療育模式，使臺大醫學校區成為國內，甚或國際知名之早期療育中心。
呼吸循環系統物理治療方面，能與其他基礎及臨床醫學科合作，對呼吸循環系統物理治療相關的療效及機制做更深入的探討，並將對療效的評量延伸到臨床、健康和行為三大範疇，同時探討成本效益與效用之問題。

（三）服務方面：

建構學系及臨床良好合作模式，使本系所臨床教學暨附設醫院病患服務皆達國際水準。
協助國內物理治療專業於長期照護、社區復健、早期療育、科技輔具之發展，以臻國際一流水準。
為政府機構及民間團體之物理治療相關諮詢的舉足輕重對象，並協助政策及制度之擬訂。