民國42年8月教育部核准臺灣大學醫學院設立藥學系，並於當年招收第一屆學生32 名， 為我自由中國在臺灣最早成立之公立藥學校。民國59年成立藥學研究所，招收碩士班學生， 嗣於72年研究所增設博士班。為促使教學研究更為專精與不同學科相輔相成，於78 年起將研究所依教學分為藥物化學組（甲組）、 生藥學組（乙組）、及藥劑學組（丙組）三組分組招生，82年起更增加醫院藥學組（丁組），以培育臨床藥學專才， 在教學研究維持各領域均衡發展。為培育醫院臨床藥學之專業人才，以從事各項專業服務及臨床用藥之研究， 提昇國內之醫療品質與全民藥物治療水準，民國89 年臨床藥學組獨立成臨床藥學研究所。同年， 研究所增加藥物生物科技組（丁組）招生。為了使教學及研究更加有效率，民國97年研究所重新整合成三組， 新藥探索組（甲組）、製藥科技組（乙組）、醫藥生技組（丙組）。自100學年度起研究所博士班亦分為分子醫藥組及藥物科技組兩組招生， 符合藥學教育多元化與專業化之世界潮流。

藥學系在編制上依師資之專長分為藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物生物科技、藥物分析學等基礎藥學及臨床藥學。 培育將來從事研究發展等基礎藥學與製藥科技之人才，以及訓練養成從事藥事服務(Pharmacy Practice) 之專業人才。

本系之師資、設備大致完備，但依然有些精密研究設備正在努力爭取中。目前社會上從事藥學研究發展的人員依然少， 製藥界需人才，醫院需專業藥師，因此本系的發展性有相當潛力。藥學涵蓋極廣領域，各學門科技研究日益精進。 藥學各學門的人才培育教育，無論是醫院或社區藥師，製藥工業界藥師或從事新藥研究開發，均需有專精的訓練， 才能在其崗位上發揮長才。為提升醫藥分業後藥事服務品質，自98學年度開始並行六年制之藥學教育，以培養優秀稱職之臨床藥師， 符合現代社會醫療需求。大學部課程內容則根據本院教育理念「培育優良藥師、力行創新研究」而做設計。 本系學生的課程主要分六大部分，有「共同及藥學預備課程」、「生物醫學科學課程」、「基礎藥學科學課程」、 「臨床藥學科學課程」、「藥事行政及社會科學課程」、「藥學實習」，臺大藥學系進入六年制學制以後，也加強了多項課程， 將非處方藥、社區藥局概論、社區藥局實習列為必修科目，也增加了藥品資訊分析、流行病學、衛生政策與健康保險等課程， 第五年的課程除了規劃藥物經濟學、臨床藥品動態學、藥品臨床試驗、藥學臨床技能導論等課程，也增加了多項分科的藥物治療學課程， 第六年的實習課則以模組方式規劃，包括加護病房臨床藥學實習( 含 8 個科別的加護病房)、一般病房臨床藥學實習( 含 15 個科部的一般病房)、 進階醫院藥事服務實習( 含 10 個部門的實習地點)，將醫院實習作全面性的規劃，除此之外，進階社區藥局實習也是課程重點之一。

在六年制藥學教育的架構下，社會藥學與行政管理也是極為重要的一部份。本系六年制的課程中， 設計了與健康保健體系、藥事經濟、流行病學及醫藥管理政策相關的課程，此外，也擴增實習單位，提供實習機會， 包括醫藥品查驗中心、藥害救濟基金會、健康保險局、食品藥物管理局( 包括：食品、藥品、醫療器材、化粧品、管制藥品、 各區管理中心、製藥工廠管理…等組別)，讓學生畢業後有能力從事、執行、管理、甚至成為制訂醫藥政策的決策者。此外， 本系也已經獲得多個相關的實習單位的承諾，制訂相關辦法及實習內容，這些單位包括多個國內藥廠與國內外各大公司、 CRA (Clinical Research Associate)公司，以及財團法人醫藥工業技術發展中心…等單位；在實驗室方面， 也鼓勵學生到有興趣的實驗室做專題研究，學習生物醫藥相關的技術及技能，以期有新穎的研究成果產出。

教育為國家建設之根本，冀望改制後的臺大藥學院依下列目標發展：1. 提昇我國藥學教育之水準，將之納入培育臨床藥師之正軌， 訓練稱職之藥師，加速大學部之藥師教育制度之改革。2. 提昇我國藥學科研之水準，以協助政府推動藥學科技之發展。 落實研究所之教學及研究，以達成藥學科學專精科研人才之訓練重鎮。3. 協助政府製藥工業之發展。 期盼未來能結合不同專長的人才充分發揮所長，共同推動研究邁向卓越成果，使國內藥學科技早日提昇至國際水準。