本系原為醫事檢驗科，於民國五十五年創校時，即已設立，民國六十三年更名為醫事技術科。

民國八十七年學校升格為學院，本系開始招收進修部二年制醫事技術系在職班，隔年，日間部亦開始招收二年制及四年制大學部學生。

民國九十四年，學校改名為科技大學，順應醫學檢驗技術之革新，生技產業在臺灣科技發展之重要性，以及未來生技基礎人才需求之事實，本系於民國九十五年，更名為醫學檢驗生物技術系以符現況，並增設「碩士班」，停招專科部。四十餘年來，已為國內醫檢界培育了四千多位醫事技術人才，畢業的系友遍佈全國，大多從事與醫檢相關行業，並逐漸發展至生技研發領域，是臺灣的醫療產業的重要支柱。