有鑒於國內休閒產業企劃及休閒保健及休閒保健專業指導人才之缺乏，故本系於1999年以倡導全民休閒保健、培育健康休閒企劃管理及專業指導人才為訴求獲准設立。本系融合健康科學及企劃管理的理念，含括休閒管理、保健療養、休閒運動及藝術人文的理念，採務實、專業與系統化之方式，培育休閒產業企劃管理和保健輔導教育人才。展望未來，將更著重於休閒養生產業之發展與研究，並積極與業界展開合作。此外，本系奉教育部核定於2008年設立「休閒與空間資訊研究所」正式招生，2010年奉准改名為「休閒事業管理研究所」，確達擴大培養休閒保健療養、休閒資源規劃及休閒產業經營管理等方面相關專業人才之目標，2012年奉教育部核准，改名為「休閒保健管理系碩士班」，2013年奉教育部核准，系所合一改名為「休閒保健管理系暨碩士班」，2014年正名為「休閒保健管理系（含碩士班）」。

至2018年8月止，專任專業師資包括教授3位、副教授7位、助理教授12位、講師1位與專技講師2位，並有與奇美醫院合聘之醫生數名，本系延聘具相關學術或實務專長之兼任專業師資。以上師資專長涵蓋休閒運動企劃、休閒療養、復健醫學、溫泉水療規劃、休閒環境規劃、休閒產業開發實務、休閒企劃管理、休閒服務品質、休閒行銷管理、人力資源管理、企業管理、公共事務管理及空間資訊與科技等相關學術或實務專業領域。歷任系主任為林指宏博士、梁俊煌博士、陳冠位博士、董志明博士、黃戊田博士、張鳴珊博士，現任系主任為吳濟民博士。