本系成立於1966年，秉持崇真務實之「真實」校訓，肩負培育藥學專業人才之責任，配合社會產業需求、知識發展及技術進步，已培育出藥師與藥物相關科技人才無數，成為社區藥事服務人力的主流。2007年藥師法新增藥師之業務，執掌藥事照護等相關業務，其宗旨為藥師具有照顧與保護民眾之用藥安全之職責。本系藉由累積數十年的藥學專業人才培育經驗，規劃除了精進藥學之專業知識與臨床技能外，亦培養學生跨領域與其他醫療團隊合作的精神，同時提升外語能力與國際藥學接軌。

本系碩士班著重於藥學實務能力之培養，以藥物研發及社會藥學人才培育為二大教育目標。在藥物研發之教育目標中發展培育製藥、生技產業及研發體系所需之技職人才為目標。社會藥學教育目標則發展培育高階之醫院、社區藥局之藥事照護專業人才。本研究所規畫有相關之實務課程，可提升藥學相關專業能力。畢業後將可從事高階之藥學相關工作。