本系源自化學工程系「生物科技組」，民國91年分出設立生物技術系及生物科技研究所；民國92年增設碩士在職專班；民國93年因應教育部系所合一政策，更名為生物科技系，招收大學部、進修部及碩士班學生。民國96年通過IEET國際「工程及科技教育」系所合一認證。本系的發展沿革簡述如下：

民國89年本校成立生物技術研究中心。

民國90年成立化學工程系生物科技組招收大學部二技學生。

民國90年獲教育部提升大學基礎教育計畫，規劃擬定系所的成立與發展方向。

民國91年成立「生物技術系」招收大學二年制及四年制學生，亦同時成立「生物科技研究所碩士班」。

民國92年增設「碩士在職專班」。

民國93年系所合一改名為生物科技系，設有大學部(二技、四技及碩士班)及進修部(四技及碩士在職專班)。

民國93年獲教育部補助設立「生技產品試量產暨產品功能性評估技術研發中心」。

民國95年因應學校長期發展規劃停止大學二技學制招生。

民國96年與奇美醫院簽訂長期建教合作。

民國98年獲教育部補助設立「生技產品開發聯合技術發展中心」。以本校為中心學校，弘光科技大學及中華醫事科技大學為夥伴校。

民國99年因應學校總量管制規劃，停止招收進修部四技學生。

民國99年成立臺灣生技產業聯盟，結合產業界推動臺灣生技產業的永續發展。

民國107年獲教育部補助應用生技模組化製程產線與教學整合之人才培育計劃。

民國108年因應學校長期發展規劃停止碩士在職專班招生。

民國108年系所合一改名為生物與食品科技系，設有大學部(四技及碩士班)。