機械設計工程系成立於民國69年本校創校時，配合本校改制為技術學院再改名科技大學，本系之學制亦由原先之專科調整為四技，並於98年學年度設立研究所，同年與東勢高工及銀泰公司合作，成立攜手合作計畫專班，105學年度招生產學訓專班，107學年度重啟五專部，預計110學年度招收第三班產學訓專班。目前本系每年招收四技二班、碩士班一班、五專一班，包括產學攜手專班及產學訓專班，108學年度學生人數合計約760人。

本系成立以來即秉持創系宗旨，以培育國家所需之機械創新設計研發人才為教育目標，使其具備創新研發能力與工程實務技能，期能對國內機械產業之升級有所貢獻。