本系民國七十九年八月奉教育部指示於國立高雄工商專校暫設商科部，接辦原國際商專停辦後之五年制財政稅務科。八十年七月奉教育部核准設立二年制財政稅務科，八十六年七月本校升格為高雄科學技術學院兼辦專科部。本系配合學校整體發展改制技術學系，八十八學年度獲行政院核准改制為四年財政稅務系。八十九年八月本校更名為「國立高雄應用科技大學」。本系大學部及研究所日間部於一00年八月搬遷燕巢校區教學，並於一0一年八月與財經與商務決策研究所合併，更名為「財富與稅務管理系含碩士班」。一0七年二月三校合併更名為「國立高雄科技大學」，一0八年八月教育部核准本系更名為「財政稅務系」。本系目前共有日間部四技班、碩士班、進修推廣部二技班、四技班、碩士在職專班。