本校於2018年2月由高雄應用科技大學、高雄第一科技大學與高雄海洋科技大學合併為國立高雄科技大學。

本系為原高雄應用科技大學企業管理系，於1989年8月奉教育部指示，接辦五年制企業管理科。配合學校之升格改制，學制逐步增加為日間部四技學制(1999年)、日間部研究所(2014年)、進修部四年制學制(2004年)、進修部碩士在職專班(2000年)、進修學院二年制學制(1999年)。於2009年8月奉學校指示成立高階經營管理研究所(EMBA)，配合教育部系所合一之政策而改名為企業管理系高階經營管理碩士在職專班(EMBA)；併校後，則更名為企業管理高階經營管理碩士在職專班(EMBA)，並列於管理學院之下。

本系目前學制有日間部四技及碩士班、進修部四技、碩士在職專班與EMBA班，以及進修學院二技。