本系前身為屏東農專農業化學科、創立於民國43年。本校於民國80年改制為國立屏東技術學院時，農化科亦同時改為二年制環境保護技術系，並於民國82年成立環境工程技術研究所。民國87年配合學校改名為科技大學，系所合併更名為環境工程與科學系。目前本系每年招收日間部四技、碩士及博士班各一班；進修部碩士在職進修專班一班。