1975年創立臺灣省立屏東農業專科學校農業經濟科(三專)
1980年增設家政組、夜間部 分有農經組(日間部、夜間部)、家政組(日間部)
1981年改制國立屏東農業專科學校農業經濟科(三專)
1983年增設家政組夜間部
1991年改制國立屏東技術學院農業經營技術系(二技、四技)?
1992年增設四技進修部
1993年增設二技進修部 更名國立屏東技學院農企業管理技術系(二技、四技、二進、四進)
1997年改制國立屏東科技大學農企業管理技術系
1998年更名國立屏東科技大學農企業管理系
1999年設立碩士班
2001年增設碩士在職專班(屏東班)
2003年停招二技進修部
2004年增設碩士在職專班(花蓮班)
2005年停招大學部(二技、四技、四進) 大學部與企業管理系、工業管理系合併為經營管理系 設立農企業管理學程 碩士班與碩士在職專班更名為農企業管理研究所

2007年復招大學部(四技)，各學制更名回農企業管理系

2009年開設甘比亞專班農企組(四年制)

2011年開設雙聯學位碩士班(與印尼Brawijaya大學)
2012年開設產學攜手合作專班
2015年協辦國際學院開設農企業管理國際碩士學位學程
2017年開設馬來西亞境外專班(碩士在職專班)

國立屏東科技大學農企業管理系(Department of Agribusiness Management)的前身為屏東農專農業經濟科，創立於1975年，是本校管理學院歷史最久的系。

本校1991年改制為屏東技術學院，本系更名為農業經營技術系，1993年更名為農企業管理技術系，授予管理學士學位。本校1997年改制為屏東科技大學，本系屬於管理學院，本系並於1998年更名為農企業管理系。本系於1999年成立碩士班，2001年增設碩士在職專班，2004年增設碩士在職專班花蓮班。本系2011年與印尼Brawijaya大學共同開設雙聯學位碩士班，2012年與內埔農校、佳冬農校、和農友公司等農企業策略聯盟，攜手開設產學攜手合作專班。目前本系的學制包括：大學部四技、碩士班、碩士在職專班(屏東班、花蓮班)及馬來西亞境外專班(碩士在職專班)。