系之發展依教學與研究兩方面說明。
教學方面係依國家建設發展所需人力為課程規劃主軸，並配合本系特色與教師研究領域，將教學目標分為大地工程、結構工程與水資源工程三方面，並為強化學生實作能力，本系課程規劃則加強實習與現地實習之課程，以達成本校專業化之教育目標。
除外，為達成本校全人化教育之目標，課程包含多樣性之通識課程、工程倫理等，而國際化之教育目標則強化學生之外語教育外，更要求學生畢業之語言門檻等。
而各領域之發展重點略述如下：

結構工程領域：

1.土木結構安全檢測、損害與分析。

2.營建材料量測自動化。

3.土木結構工程專業系統之研發與最佳化應用。

4.結構非破壞檢測法之研究。

大地工程領域：

1.地工合成材料工程性質之分析及研究。

2.GIS與GPS應用於大地工程之研究。

3.大地現地試驗技術之應用與研發。

4.地工數值法應用於大地工程之分析。

5.岩石工程特性與免開挖工法之研究。

水資源工程領域：

1.南部地區地表水與地下水資源聯合運用研究。

2.沿海地區地盤下陷與海水入侵之探討。

3.水中構造物之非破壞檢測探討。

4.地理資訊系統結合GPS在水資源管理上之應用。

5.以生態工程構築河道之施工技術研究。

研究方面，本系配合國家經濟發展需要，成立土木工程技術服務中心及營建暨水資源工程技術服務中心，以提供土木水利工程相關技術諮詢與服務。

並為奠定基礎與應用科學研究之深度與廣度，本系教師積極參與國科會、農委會、水利署、教育部等中央機關與地方縣市政府及民間事業單位補助或委託之研究計畫案，並積極將研究成果發表於國內外著名期刊或研討會。