臺灣省立屏東農業專科學校農田水利科，始創於民國49年。

民國61年更名為農業工程科。

民國64年更名為農業土木工程科。

民國70年改名為國立屏東農業專科學校農業土木工程科。

民國80年改制為國立屏東技術學院土木工程技術系，招收二年制學生。

民國81年設置進修部招收二年制學生。

民國82年成立碩士班。

民國87年更名為國立屏東科技大學土木工程系。

於民國88年成立日間部四年制及碩士班在職專班。

民國93年停招日間部與夜間部二年制並增日間部四年制一班。

民國94年8月本校成立「坡地防災與水資源工程研究所」博士班。

98學年度坡防所改制為土木工程系博士班，使得本系包含大學部，碩士班及博士班完整學制。