有鑑於當前世界格局已經進入全球化時代，各國互動頻繁，其中東南亞國協成立後，亞洲整合的趨勢越來越快速，具備國際視野之政經人才出現迫切需求。配合上兩岸關係自李登輝總統時期以來，出現快速的發展，如今中國大陸業已成為我國最大出口市場、最大貿易伙伴、最大貿易順差來源，嫻熟大陸事務之專業人才成為各界競相爭聘的對象。而金門地處兩岸前沿，更是東南亞華僑的重要祖居地，這樣的地利優勢與僑鄉文化優勢與資源，配合上國際趨勢的發展，成為本系發展的最重要根基與基石。

在「立足金門、放眼大陸、胸懷國際」的目標下，本系於2005年奉教育部核准成立「國際事務學系」，並於2006年開始招生，同年申請成立「中國大陸研究所」，經教育部核准成立後於2007年正式招生，2011年推動系所合一並更名為「國際暨大陸事務學系」，本系自成立以來一直戮力培養國際政經與大陸事務專業知識兼具之人才。

值得一提的是，本系為全國國立大學中，唯一同時設有國際與大陸事務課程之學系，而由於地利的優勢，使得本系同學對中國大陸現況，有著更貼切的體會與瞭解。2010年為回應地方民眾求知需求成立進修部，以提升地方從業人員在國際與兩岸專業知識上的水平。