生物醫學工程學系成立於2015年8月，隸屬於臺北醫學大學醫學工程學院。臺北醫學大學體系擁有五家附屬醫院，一校五院所組成的醫療健康體系，總床數超過四千床，為臺北都會區發展最快速的醫療關懷系統。 生物醫學工程學系獲得臺北醫學大學醫療體系全力支持而設立，獲得教育部正式批准核可，為國內第一個於醫學大學體系下設立生物醫學工程系並於2016年9月起每年招收35名大專生，教育理念為提供高質量教學、著重臨床導向之醫學工程專業素養之養成，孕育生醫產業創新人才。

生物醫學工程學系致力於成為全球傑出的醫學工程學校，其教育目標為培養學生具備基礎科技工程與生物醫學相關領域基礎知識，以臨床為導向出發培訓學生具備發掘探討臨床需求與解決問題之能力。並打造跨領域學習環境培養跨領域創造設計、執行分析能力及產業化能力。推動與產學育成營運中心、醫療體系、生醫產業合作，提供多元實習以培養學生實務能力。

學系致力推動與國際姊妹校實習管道以增進學生具有國際視野。我們透過跨域學習致力於培育具前瞻性、人文素養、國際觀之生醫產業創新人才，加以促進社會關懷，增進社會福祉。