臺北醫學院成立於民國四十九年，民國五十二年八月正式成立公共衛生學科，為醫學系八個基礎學科之一。並於民國七十八年八月正式成立公共衛生學系，成為臺北醫學院第七個學系。本學系創系主任為許東榮教授，於民國八十二年公共衛生學系第一屆畢業生邁出校門時榮退為名譽教授。葉錦瑩副教授代理第二任公共衛生學系主任，於民國八十三年由邱文達教授接任系主任，歷屆主任均致力於加強師資陣容，充實教學及研究設備，積極擴展公共衛生領域研究，以提供本學系師生最佳學習與研究環境。公共衛生學研究所在邱文達主任大力推動下於民國八十五年八月成立，招收環境衛生組與社區衛生組碩士生。八十五年九月起由韓柏檉教授擔任第四任公共衛生學系主任暨首任研究所所長。九十年起增加流行病學組碩士生。九十一年起甄試招收媒體碩士生，也通過博士班，開始招收博士生。九十四年九月由邱弘毅教授擔任第五任系主任，九十八年邱弘毅教授榮升院長，九十八年八月起由薛玉梅教授擔任公共衛生學系第六任系主任，一百零四年八月起由白其卉教授擔任公共衛生學系第九任系主任。

八十九年十月本校改名大學並成立五個學院，九十九年八月本校擴展為七個學院，本學系隸屬公共衛生學院，三十年來本學系在全體師生努力下已呈現大幅進步，無論在師資的延聘、教學品質的提昇、研究計畫與經費的申請，畢業學生的深造與就業等都有長足的提昇。