本校藥學系係最早創設之一，迄今已逾五十載，歷屆日夜部畢業生已一萬多名，共計日間部四十八屆，夜間部三十八屆，藥學系第二部六屆；本系的教育目標乃為國內培養藥學專門人材之藥師，提供執行有關藥品的製造，調劑、販賣及管理方面的人力；藥師專業仍為參與醫療行業、提供病人及醫事人員的藥物資訊，保證國人用藥的療效及安全，提昇國民健康具正面的意義，尤其自全民健保實施後的二年正式實施醫藥分業後，使藥師功能更有發揮的空間，提供國人用藥服務更顯重要，本系歷屆校友除部份出國進修貢獻學術研究方面之外，諸多服務於國內醫、藥廠、藥品貿易公司、政府衛生機構或自營藥局，成績輝煌，頗受社會的肯定及讚許，本系歷經師長及校友的努力參與，充實設備，延攬師資及課程改革等，教育有成，陸續成立藥學研究所碩、博士班，提昇藥學人材水準，為國內培育高級藥物科技專材，均具不少的貢獻。

本系歷任系主任為徐型堅教授、楊藏雄教授、陳朝洋教授、陳繼明教授、許光陽教授、譚延輝副教授、許秀蘊教授、李仁愛教授，現任系主任陳香吟教授。