由於醫療技術及品質的提高、生育率的降低，臺灣高齡化的速度，從西元2000年起，已排名全球前幾名內。對整體社會而言，伴隨而來的挑戰是醫療支出的增加以及勞動力的缺乏。慈濟大學（以下簡稱為本校）係根基於醫學、生物技術之大學，為因應此一趨勢，遂於醫學院下成立醫學資訊學系（以下簡稱本系），期望能將電腦化概念融入健康照護體系中，以提升健康照護之品質及效率，其沿革如下：

91學年度設立全國第一個醫學資訊學系，招收一班50人。因為是隸屬於醫學院，本系得以有效結合資訊與醫學各相關專業領域，以培養具資訊縱深及醫護橫向知識之專業人才。
93學年度成立碩士班，招生名額15名；96學年度通過增額招生25名。
95學年度於本校醫學科學研究所招收博士班學生。
98、104學年度第2學期分別通過高教評鑑中心之第一、二週期評鑑。
108學年度(西元2019年) 本系學士班招收名額46名、碩士班招生名額15名。