本系為本校大學部創校最早的三個系之一。在籌建之初，創校校長李明亮秉持慈濟基金會證嚴上人關心原住民的執著，於1993年成立「原住民健康研究室」，並親自擔任主任。1994年創校成立公共衛生系後，「原住民健康研究室」併入公衛系運作。秉持基金會服務弱勢族群，提高東部醫療水準的發展理念，與「尊重生命，以人為本」的創校精神，本系有計畫地培育具備人文素養的公衛人才，並期望學生畢業後進入社會，能懷抱濟世助人的理念，與具備實踐志工服務的精神。

因發展理念與地處東部之故，「偏遠地區醫療衛生議題」與「原住民健康」遂成為本系主要之發展重點。臺灣花東地區原住民族計有阿美 (Amis)、泰雅 (Atayal)、太魯閣 (Truku)、布農 (Bunun)、雅美 (Yami)、卑南 (Puyuma)、排灣 (Paiwan) 、噶瑪蘭(Kavalan)、魯凱(Rukai)、撒奇萊雅(Sakiraya) 及賽德克(Sedeg)等族，並佔所有居民人數四分之一以上；由於原住民族的許多疾病型態迴異於漢人，且各健康影響因子有其特性存在，因此衍生諸多與族群相關之公共衛生議題。這些議題，特別在生理及心理健康的層面，亟需要特殊的關懷與研究；在此前提之下，「原住民健康研究室」於1998年獨立成為原住民建康研究所。

原住民健康研究所成立之後，本系除了以「偏遠地區醫療衛生」與「社區健康」為重點，並逐漸拓展公衛各相關領域之教學研究，並與原住民健康研究所合作並相互支援。在師資與設備逐漸成熟之際，本系於2003年成立公共衛生研究所碩士班且正式招生。由於屬性與原健所關連密切，並考量資源共享的優勢，本系與原健所經多次會議討論決議合併。合併案經院、校務會議通過後，於2008年正式實施，成為公共衛生系學士班，及「公共衛生組」與「原住民健康組」碩士班。為了增加學生訓練與未來就業接軌，本系於2013年將本系碩士班課程分組改為雙軌課程，分為論文組與實務組。並於2014年首招國際學生入學。未來將持續完備各領域的師資與設備，並結合慈濟基金會的資源以發展國際衛生，為本系所目前與未來的發展方向。