學士班
一、基礎與臨床醫學知能
二、臨床物理治療知能
三、職場倫理與態度
四、邏輯與思辨能力
五、溝通與團隊合作

碩士班
一、進階專業知能能
二、終身學習與專業創新
三、邏輯與思辯
四、人文關懷精神

一、問題導向學習
為培養具備批判思考、問題解決、與團隊合作能力之學生，本系於一年級上學期「物理治療導論」課程中，介紹問題導向學習的概念和方法。另外，分別在二年級和三年級開設「基礎物理治療問題導向學習」和「臨床物理治療導向學習」課程。
問題導向學習（Problem-based learning， PBL）是以學生為中心的教學方式，利用臨床個案問題去激發學生討論，學生必須主動釐清自我知識的缺口，建構明確的學習議題，然後整合所搜尋到的相關資訊去解釋或解決問題（陸希平、王本榮、陳家玉，2006）。

二、服務學習
為培養學生關懷社會與服務人群的素養，本系開設「失能者關懷與服務學習」服務學習課程。

三、職涯課程
為提供學生規劃生涯發展之參考，協助其探索未來，掌握自己的人生方向。

四、實務課程
培養學生所應具備之各項核心就業力，促進就業準備實務能力之提升，本系配合專業課程，不定期邀請校外物理治療相關專業人員開設實務課程。

1.結合花東地區醫療院所資源，發展成為臺灣東部地區物理治療學術重鎮。
2.強調專業與人格的養成，專業實驗教室提供實作機會，結合臨床見習與實習課程安排。開設多樣化的人文選修課程，培養學生以人為本的人文素養，落實學生恪盡己責，關懷社會的能力。
3.多元化選修課程設計，除注重傳統呼吸循環物理治療、兒童物理治療、神經物理治療、骨科物理治療，並培育發展如長期照護、體適能與健康促進等次專長。