民國08年04月創校，名為〔臺灣省立嘉義農林學校〕。

民國10年04月易名為〔臺南州立嘉義農林學校〕，設農、林兩科。

民國34年11月易名為〔臺灣省立嘉義農業職業學校〕。

民國54年03月改制為專科學校，名為〔臺灣省立嘉義農業專科學校〕。

民國58年07月森林科分設森林經營及森林利用兩組，各為五年制專科部。

民國82年08月森林經營組更名為森林資源管理科。

民國83年09月本科二專進修部開始招生。

民國86年07月本校奉准改制為國立嘉義技術學院。

民國87年08月增設二年制技術學院學制森林資源管理系。五年制專科部繼續招生。

民國87年10月奉准改名為森林系。

民國89年02月本校與嘉義師範學院併校，改制為國立嘉義大學；增設大學部森林學系，隸屬農學院。森林學系與林產科學系合設林業研究所，招收碩士班研究生。二年制技術學院學制森林資源管理系繼續招生。

民國89年07月五年制專科部以及進修部二年制專科停止招生，改設二年制技術學制森林系。

民國90年08月進修部設立林業研究所碩士在職專班。

民國91年06月進修部二專學制最後一屆同學畢業。

民國93年06月日間部五專學制最後一屆同學畢業。

民國93年09月進修部二技學制森林系停招，並改制為四年制進修學士班。農學院農學研究所增設博士班，分為林學組與農學組；本系學士班、碩士班以及博士班完整學制確立。

民國94年06月進修部二技學制最後一屆同學畢業。

民國94年08月本系奉准更名為森林暨自然資源學系。

民國95年08月本系奉准系所合一辦學，原林業暨自然資源研究所林學組回歸為森林暨自然資源學系碩士班；博士班仍列於農學所植物組。本系二年制技術學院學制奉准停止招生。

民國96年08月本系奉准於96學年度招收碩士在職專班一班15名。

民國99年09月本系森林生物多樣性館(生物多樣性教學研究大樓)落成揭牌。

民國100年08月本系進修學士班奉准停招。

民國106年08月本系碩士在職專班奉准自106學年度停招。