本系成立於 2000.02.01，由前中興大學法商學院共同科國文組改制而來，歷任系主任為馬寶蓮老師（任期 2000.02.01-2001.07.31）、吳順令老師（任期 2001.08.01-2004.07.31）、范銘如老師（任期 2004.09.01-2005.07.31）、賴賢宗老師（任期 2005.08.01-2009.07.31）、吳順令老師（代理任期2009.08.01-2009.09.15）、賴賢宗老師（任期2009.09.16-2012.07.31）、馬寶蓮老師（任期2013.08.01-2016.07.31）、朱孟庭老師（任期2016.08.01-2019.07.31），現任系主任為陳大為老師（任期2019.08.01-2021.07.31）。
本系之組織架構共分為系務會議、系教評會、學術委員會、課程委員會、學生事務委員會、經費稽核委員會、系學會。2015.08 起，本校古典文獻與民俗藝術研究所古典文獻組 3 位專任師資併入本系，本系目前有專任教師 17 人、兼任教師16 人、助教 1 人、行政專員 1 人，學士班學生共 4 班約 180 餘人，碩士生 40 人左右。
本系經教育部核定，於 2009.08.01 起由「中國語文學系」改名為「中國文學系」（簡稱「中文系」）。本系自 2000 年成立之初，以傳統中文系的學識規模為本體，並發展「中國文哲當代詮釋」與「中文資訊化」的致用之學，以「中國文學系」為系名，符合本系現況與發展重點，亦符合本系學生求學深造與專長發展的需要。2020.07.01 ，本系以「經典詮釋」、「文學寫作」、「數位人文」作為新一階段的發展方向。