一、學士班
（1）具備化學相關專業知識。
（2）具備專題實驗及解決問題之能力。
（3）有效溝通與團隊合作之能力。
（4）認清國際趨勢並具備全球化競爭之基礎能力。
（5）理解社會責任以及專業倫理道德。

二、碩士班
（1）具備化學相關專業知識。
（2）具備獨立研究、撰寫論文與解決問題之能力。
（3）培養團隊合作與領導統御之能力。
（4）認清國際趨勢具全球化競爭能力。
（5）具備專業倫理道德及社會責任認知。

三、生物醫學碩士班
（1）具備生物科技專業領域及背景知識。
（2）具備獨立研究、撰寫論文與解決問題之能力。
（3）培養團隊合作與領導統御之能力。
（4）認清國際趨勢具全球化競爭能力。
（5）具備專業倫理道德及社會責任認知。

四、博士班
（1）具備化學相關專業知識。
（2）具備獨立研究、撰寫論文與解決問題之能力。
（3）培養團隊合作與領導統御之能力。
（4）認清國際趨勢具全球化競爭能力。
（5）具備專業倫理道德及社會責任認知。

化學是基礎學科，也是和生活息息相關的應用科學，涵蓋食品、生化、醫療、染料、石化、觸媒、材料、環保、電池、半導體製程等各個領域，應用化學的專才因而在國家經濟建設中扮演重要的角色。本系（所）即培育青年學子將化學知識實踐於產業及建設本系之發展方向，仍根據國家產業科技發展的需要，並考量世界化學發展的趨勢，規劃以生物科技、材料化學及分析化學三大方向。現階段推動奈米化學材料科技相關研究為導向，配合未來發展方向課程設計以生化、材料及分析三大方向，培養科技人才，藉以開拓青年學子的視野，以期應用化學的專才，能成為領導國家經濟建設的尖兵，除了有機、無機、物化、分析等機本必修學科之外，更提供多元化的選修課程，高年級學生並可進行專題研究，在各教授指導下，學得各種專業技術。

本系（所）為配合國家產業發展，積極規劃以生化科技、材料化學及分析化學三大教育研究方向，培育具備跨領域學能之科技人才。在生化醫藥方面，擬規劃與進行相關的研究合作，繼而將此醫學基礎研究的精神，推廣於本校所在埔里地區之周邊醫院，藉此提升地方對醫療體系及醫療資訊的重視與改善。而由此，亦使學生能瞭解並兼顧生化醫藥的理論與實務基礎。材料化學則在本系（所）的教育研究規劃下，除保有優良的學術研究成果外，更持續經營與工業界密切的合作發展，在強烈的企圖心下。積極主導著產業相關的關鍵技術。在分析化學方面，配合目前國家需求，著重於功能性磁性奈米生化分析相關技術、光電材料分析、紫質材料分析、以及各種儀器分析技術的開發與應用。整體而言應用化學系暨研究所的設立，除以培育應用化學人才為目標外，並計畫整合臺灣中部地區生化醫藥及材料分析之教育與研究資源，發展具創造性的前瞻研究，突破傳統教學下理論與實務的蕃籬。相信本所之設立不但能縮短城鄉間的差距，更能藉由培育世界各地華僑子弟，使期能成為優良的專業人才，繼而帶動臺灣學術研究的國際化。

一、學士班
（1）培養化學專業知識的科技人才。
（2）兼顧科技與人文素養。
（3）培養國際視野。

二、碩士班
（1）培育獨立研究能力的化學專業人才。
（2）培養創新能力及團隊合作精神。
（3）培養國際視野。

三、生物醫學碩士班
（1）培養具備生醫科技之專業人才。
（2）培養創新能力及團隊合作精神。
（3）培養國際視野。

四、博士班
（1）培育具獨立研究能力的化學專業人才。
（2）培養創新能力及團隊合作精神。
（3）開拓國際視野。

(此來源為參照暨南大學官網)