醫務管理學系設立於民國八十四年，設有日間大學部一班，招收40名學生。次年，期充分運用現有教育資源，落實社會服務功能，進而於民國八十五年設立夜間二年制醫務管理技術學系，專收醫療相關機構在職人士兩班，每班五十人，造就具有研究與解決問題之思辨能力，且具有領導、溝通及創造性之醫務管理人才。

有鑑於南部在職醫務管理人力的培訓，隨著畢業生的增加，夜間二年制醫務管理技術學系的階段性任務目標已達成。再加上其後護理人員為將來工作升等需要而繼續求學的人數漸增，故於八十八學年度將夜間二技醫務管理技術學系下分成兩組：一組設為醫務管理組、另一組為護理管理組。護理管理組則委由本校護理學系統籌協助課程教學，以達學用合一的效果。最後在九十年度停止招收夜間二技醫務管理技術學系，完成社會服務的階段性任務。

同時民國九十年，本系成立醫務管理學系碩士班，著手於中高階醫務管理人才的養成教育。有鑑於在全民健康保險的衝擊下，醫療機構對於中高階經營管理的醫管人才需求殷切，並期許提升醫務管理效能，有效服務社會大眾健康與醫療機構經營管理。

民國九十一年，日間大學部增為兩班共計招收104名，且將教育目標調整成初階與中階醫務管理人才培育，作為畢業生的職涯定位。並以培育醫務管理學系碩士班畢業生銜接醫務管理人才培育的連續性。爾後並因應南部醫療市場高階醫管人才之需求，於九十五學年成立碩士在職專班。

民國九十五年，規劃未來將從醫療機構管理拓展至健康產業經營管理，強化健康政策與規劃，引導醫務管理發展。另一方面，基於社區與社群（包含性別、年齡、地區等各獨特族群）對健康管理能力的專業經理人才的需求增加，申請學籍分組將醫務管理學系碩士班分為「健康產業經營與管理組」與「健康規劃與管理組」。

民國101年本系為了綜合運用教學資源與研究生彈性調整學習方向，將碩士班學籍分組，申請合併為醫務管理碩士班，教學主軸仍保留兩組的特色，並增強研究生的綜合基礎的訓練，期使研究生的培養最適化。在大學部方面，為了改善生師比過高的現況，以及強化師生的互動，申請將原兩班104人變更為單班60人，培養學生與教師密切互動的學習文化，透過身教與言教來養成學生的人格與思維。

目前本系計有大學部四班、碩士班（含碩士在職專班）四班，學生人數約240人。

84學年八月奉准成立日間部「醫務管理學系」，核定招收一班。
85學年成立夜二技「醫務管理技術學系」，核定招收二班。
88學年夜二技「醫務管理技術學系」現階段任務完成，經核定停止招收一班。
90學年為因應市場對高階醫管人才需求成立「醫務管理學系碩士班」，核定招收10人，並停止招收夜二技「醫務管理技術學系」一班。
91學年度核定新增日間部「醫務管理學系」一班，共計招生兩班104人。
92學年度核定「醫務管理學系碩士班」增收為20人。
95學年度核定「醫務管理學系碩士班」成立學籍分組，並分為「健康產業經營與管理組」、「健康規劃與管理組」，各核定招收10人。
95學年度成立「醫務管理學系碩士在職專班」，核定招收10人。
101學年碩士班合組；104學年起碩士班招收12人;大學部單班招收58人。