1. 培養基礎科學知識與概念。

2. 培養實驗操作能力。

3. 培養化學領域或物理領域的背景。

4. 培養使用電腦進行科學研究的能力。

5. 培養運用自身所學回饋社會的能力。

6. 培養了解環境問題的能力。

7. 培養團隊合作與溝通協調之能力。

（一）著重「綠色科學」及「奈米科學」人才的培養。

（二）與地方政府、學校、研究機構與產業界合作共同發展臺東。

（三）傳承發展科學教育的使命，培養臺東科學教育人才。

（四）加強學生基礎科學的涵養與實務課程，以強化就業競爭能力。

※應用科學系應用物理組：

物理專業知識是工程的基礎，應用科學系應用物理組畢業學生可以繼續至國內外大學之理工學院研究所深造，成為社會與國家建設的有利成員；尤為甚者，目前電機與資訊相關人才短缺，具備基礎物理知識的畢業學生可以稍加訓練，就可成為是項科技專才。同時，搭配商業、語言、電腦模擬、工商業設計等訓練，亦可培養應用科學系應用物理組畢業學生成為工商業界所需求的人才。

※應用科學系化學及奈米科學組：

化學專業知識是工程的基礎，本系畢業學生可以繼續至國內外大學之理工學院研究所深造，成為社會與國家建設的有利成員；尤為甚者，目前光電半導體、奈米科技與生化科技相關人才短缺，具備基礎化學知識的畢業學生可以稍加訓練，就可成為是項科技專才。同時，搭配商業、語言、電腦模擬等訓練，亦可培養本系畢業學生成為工商業界所需求的人才。