本系具有各領域教師專業實驗室、試驗生態農場、動物細胞培養室、實驗動物室、植物栽培室、種原庫、專業儀器室等。同時配合學校發展花東發展計畫，耗資億元打造之先導型生技工廠，將提供學生生技研發、分析檢驗、大量生產製程及營運行銷等的課程學習與實習之場域。將是全國大學中最先進且最完整之生技實習工廠，可學習各類高端生技保健產品與生技保養品之生產製程與設備，包含大型萃取、濃縮、乾燥、殺菌等設備；膠囊、錠劑、滴丸、粉劑、液體等全自動化充填設備。屆時同學於此工廠可獲得完善學習、研究、工讀與實習場域，訓練同學最實務的就業能力，直接攻進入生技、食品、生技保養品等就業市場。生態領域貼近臺東自然環境，培育生態就業市場必要之環境教育人員。

本系與地方產業結合形成生物經濟發展聯盟，進行多項創新合作。不僅輔導在地產業的轉型與研發，更與全國知名企業合作研究與人才培育。為落實精緻教學與研究師徒理念，每年將此資源全數投入學生專題研究實作課程，課程中也將進入企業實習，學習實務與職場學習。讓學生在畢業前即具有專業的研發成果，培育具備更高的專業能力與就業力。