本校音樂學系(前身為國立屏東教育大學音樂學系) 自民國82年成立至今，原名國立屏東師範學院音樂教育系，於89學年度首次招收「音樂教育系碩士班」學生，並於93學年度起分為「音樂演奏暨教學組」及「音樂教育組」實施分組教學。民國94學年度更名為音樂學系，配合更名，碩士班分為音樂教育組及音樂演奏組(唱)，以奠立良好之專業基礎。94學年度本校轉型為綜合大學。103學年度起配合本校與屏商院合併，本系亦更名為國立屏東大學音樂學系，朝向多元音樂藝術的道路發展。

本系師資陣容堅強，學生量少質精，除著重展演能力訓練與中西音樂理論之學習外，並善用原有的師資培育優勢。除定期辦理國際學術研討會，邀請國內外著名學者駐系短期講學，並與歐美著名大學 (如: 英國 Royal College of Music 、Trinity College of Music ; 美國Indiana University at Bloomington University of Northern Colorado；澳洲Griffith University， Queensland College of Music；美國University of Texas at San Antonio) 積極洽談系際合作、學術交流、師生互訪等國際學術交流活動，拓展國際視野。另，與中國首都師範大學、廣州大學、湛江師範學院、浙江外國語學院、海南師範大學、東北師範大學、江蘇教育學院、杭州師範大學、華中師範大學、昆明學院、泉州師範學院、曲靖師範學院等校亦有密切交流。

本系畢業學生經培養後，除可適任音樂展演及教學工作，又具備展演、合作藝術或教學及音樂教育多重管道進修能力，並為具備學術涵養與優秀展演能力的音樂研究人才、國小音樂或藝術與人文課程之師資，及具備整合性藝術理念與能力之音樂專業人才；在職場上更具有競爭力。

本系教育目標格外重視展演能力之訓練及音樂教學、音樂科技、音樂治療、音樂行政等音樂相關能力的養成，以符合現代社會多元化的發展趨勢。碩士班的規模，對於我國音樂學術之研究、相關領域人才之進修皆有莫大助益；此外，國際交換學者與學生亦有利於促進國際學術合作，提升本國相關學術專業成長。

秉持與時俱進，呼應大環境市場需求原則，期提升畢業校友職場競爭力。畢業校友九成以上投身音樂藝術相關展演、創作、教學、研究及行政之行列。