奉教育部令於92年8月1日以增員額方式核准成立「物理暨地球科學學系」。92年開始招收大學部。95年8月1日奉教育部核准更名為「應用物理系」。97年8月1日成立「光電暨材料碩士班」招收碩士生。

92.07.31~98.07.31由何偉雲教授擔任系主任。

98.08.01~101.07.31由李建興副教授擔任系主任。

101.08.01~107.01.31由曾耀霆副教授擔任系主任。

107.02.01~109.07.31由許華書教授擔任系主任。

109.08.01～112.07.31迄今由許慈方副教授擔任系主任。

位於林森校區科學館旁的理學大樓，於95年竣工，系館空間分別 規劃於理學大樓B1、1、2樓以及科學館4F、5F，至今已滿七年，透過教育部各年度轉型經費及學校經費之挹注，經過近幾年努力與增購儀器設備之下，目前各教學及研究實驗室已經具備一定規模 ，應可滿足目前現有課程。

教學與研究之需求，應可滿足現有課程教學與研究之需求，更增加競爭力，培養國家級的虛高科技人才。

鑒於國內急需物理、資訊電機、材料工程等高科技人才，在國家財政有限情況下，教育部特准本系以增員額方式成立，延續師範優質教育理念，並進而發揮本系的辦學特色，配合學校轉型，有效利用資源以培養國家亟需的產業科技人才為主。

課程設計以培育光電、材料及奈米科技人才作為主要結構，兼顧學生多元發展，提供員額休習教育學程。因此本系是目前國內教育大學中，同時能提供光電、材料及奈米科技專業發展與國小科學教師琣育的學系。