本系前身為省立花蓮師範學院「初等教育學系」（以下簡稱「初教系」），成立於民國76年，以培養健全之國民小學師資，教育行政與教育學術研究人才為宗旨。民國95年8月起，配合師範學院改制為教育大學，「初等教育學系」也同時改名為「教育學系」，維持大學部兩班。但為配合全校一系一班之校務規劃，教育學系則分成兩系，行政組另成立「教育行政與管理學系暨行政領導研究所」；另一系為課程設計與潛能開發學系。本系為滿足現代化文教事業及各行業教育部門管理人才需求，特於96年8月更名為「教育行政與管理學系(含碩士班)」；並已通過教育部審查99學年度再成為師資培育學系，以培育具備整合教育與管理專業人才為目的，課程設計考量學生生涯進路發展，主要以教育行政與管理領域課程之理論與實務為重點，對於學生成為國小教師與各項文教領域之公職考試有絕對的幫助。