1998年6月，東華大學首任人文社會科學院長楊牧先生，認為中文、歷史與哲學乃傳統文學院基本三個學科，當時人社院已成立中國語文學系，因此楊牧院長便有心成立歷史學系，而當時臺灣東部的高等教育機構中，亦無任何歷史相關科系之開設，故其計畫深具開拓意義。楊牧院長為此事，尋求當時的中央研究院近代史研究所張力研究員之協助，進行初步規畫，並於1999年3月獲教育部核准成立，規劃同年7月開始招收學生。1999年8月，歷史學系辦公室正式成立於人文社會科學學院（現今之人社一館）3樓B305室。2009年本系再成立碩士班，使學制及學術訓練更加完備。2017年7月，本系辦公室遷入新落成的人社三館2樓B227室，象徵本系進入106學年以來的危機、轉機與新生的發展時期。

本系自創系以來即以東臺灣發展史、環太平洋區域史及社會文化史等三個方向為發展目標。著眼於東臺灣發展史，乃希望從鄉土關懷出發，結合在地社區自然與人文資源，帶動東臺灣歷史研究，俾從另一角度認識臺灣歷史；至於環太平洋區域史部份，則希望瞭解歷史上環太平洋周邊國家間的政治、經濟、文化之相互影響，以與國際學術潮流連結，探討此地區和世界其他地區的互動關係，並期從全球史視角檢視東亞、中國與臺灣之歷史發展軌跡和特色，以建立宏觀的國際視野；最後是社會文化史，希望對不同時期不同地區的社會變遷與文化發展進行觀察，進而瞭解其與政治、經濟發展之關係，並比較其異同，俾從較廣闊的方向思考歷史，並進一步從事大眾歷史書寫與轉譯。

2009年，本系成立碩士班，本系學制更形完整。本系碩士班以臺灣歷史文化、近代中國發展、與環太平區域為主軸進行研究生之培育與訓練，並以提升東臺灣人文社會科學研究並帶動地域人文精神、整合東臺灣學術資源並開闢歷史區域文化研究資源、培育歷史研究創新人才並與國際學術接軌等三項教育目標為方向設計的課程下，期透過近代中國發展變遷課群、環太平洋區域研究課群及環境與公眾史整合課群之訓練培養本系碩士班研究生具備歷史學專業知識並陶冶人文精神、具備史學專題研究表述與寫作、增進專業本國語文與外國語文、具備區域研究的國際觀與文化參與感、培養史學專業倫理與反省思考、培養文史應用實務的規劃與執行力等六項核心能力。