本系的前身，為成立於1999年8月的鄉土文化研究所（國立花蓮師範學院），為國內高等教育機構中第二個以臺灣史地為發展重點的研究所。2005年8月，因應師範學院改制為教育大學，與原社會科教育學系大學部史地組的師資、班級一併整合為鄉土文化學系（含學士班、碩士班）；

翌年（2006年）增設鄉土文化暑期碩士專班。

2008年8月，國立花蓮教育大學與國立東華大學正式合併；

隔年（2009年），原鄉土文化暑期碩士專班改制為鄉土文化學系碩士在職專班。

2010年8月，因應大學合併後的師資調整、系所整併與學科專業劃分，更名為以臺灣╱區域研究為核心的臺灣文化學系（含學士班、碩士班、碩士在職專班），為國內高等教育機構中第一個擁有大學部課程的學系。 本系為國內臺灣研究相關科系中，課程唯一獲教育部認定，同時具師資培育中等學校社會領域地理專長及語文領域本土語文閩南語文專長的科系；並是相關科系中唯一提供全英文授課的亞太區域研究碩士課程 (Asia-Pacific Area Studies program all English-taught)，藉由區域研究與國際接軌的科系。課程規劃兼具臺灣主體與國際視野，培育具新視野的人文社會領域人才。