本校於民國九十三年八月經教育部改名「國立臺南大學」，轉型為教學研究卓越之綜合大學，為順應資訊科技發展之需求與數位時代之新趨勢，邁入數位內容與數位學習領域，結合數位科技各項應用與理論，九十三學年度本校設立「數位學習科技學系」，為本校發展重點學系之。本系與資訊教育研究所於95學年度合併為數位學習科技學系；設大學部、碩士班、博士班與碩士在職專班。

「數位學習科技學系」之設立，在培育具備規劃、整合、開發及維護各式應用性資訊系統能力之資訊與數位內容之專業人才，俾能積極參與國家經建政策，並協助產、官、學、研善用資訊科技，突破傳統經營或教育理念，確保各項競爭優勢。本學系於民國九十三年八月正式奉准成立，開始招生。目前招收大學部每屆一班，以及研究所碩士班、博士班、碩士在職專班。本學系特色為結合資訊科技與數位學習為主要學習與發展方向，期能滿足國家各項重點發展經建政策、「南港軟體園區」、「臺南及高雄科學園區」及「臺南科技工業區」對資訊科技與數位內容人才之殷切需求。