本學系於95學年度由社會科教育學系轉型成立「文化與自然資源學系」。
系所沿革如下：
民國76年 臺灣省立臺南師範學院「社會科教育學系」
民國80年 國立臺南師範學院「社會科教育學系」
民國85年 成立「鄉土文化研究所」
民國89年 成立「社會科教育學系碩士班」(日)
民國90年 成立「國民小學教師在職進修社會科教學碩士學位班」(夜)
民國92年 「鄉土文化研究所」更名為「臺灣文化研究所」
民國95年 「社會科教育學系」轉型為「文化與自然資源學系」及「行政管理學系」成立「文化與自然資源碩士班管理組」(日)
民國97年 成立「文化與自然資源學系碩士班」(日)
民國106年 「文化與自然資源學系碩士班」更名為「文化觀光資源碩士班」；「臺灣文化研究所」合併更名為「臺灣文化碩班」(日)、「臺灣文化碩士在職專班」(夜)