大學部
工商管理學系大學部創立於民國83年8月（83學年度），原名為工業管理學系，於民國86年更改系名為工商管理學系，教學與研究涵蓋工商企業的管理。每年招收學生約50人，招生管道採「甄試入學」 (約25%，包括「學校推薦」及「個人申請」)、「繁星計畫」（約5%）與「考試分發」(約70%，計分科目為：國文、英文、數學。從99學年度開始，社會組的數乙和自然組的數甲各有招生名額）等三種入學方式。  

碩士班
工商管理學系碩士班創立於民國84年，原名為管理學研究所，86年於管研所分組(分為醫務管理組及企業管理組)後，更名為管研所企業管理組，於民國89年獨立為企業管理研究所碩士班，並分「財務管理」、「科技與作業管理」及「經營管理」三組，並於93年起增設「生物科技管理組」。配合管理學院的組織再造，於97學年度開始將學術導向為主的碩士學程更名為工商管理研究所碩士班，分為「風險與財務管理」與「營運與科技管理」兩組，主要招收尚無工作經驗的碩士生，授予MS（Master of Science in Management）學位。工商管理研究所碩士班每年招收學生約40人，主要的兩個領域為「財務金融」（企業財務、金融機構、投資分析）與「行銷與運籌管理」（產品行銷、生產作業管理、供應鏈管理）」。
另外，商管專業學院負責招收有工作經驗的碩士生、授予MBA（Master of Business Administration）學位的三個學程組織有：於89學年度開辦的企業管理碩士學程在職進修專班（EMBA）及其碩士學分班（Pre-EMBA）、於93學年度開始與香港中文大學（CUHK）合辦的企業管理碩士在職專班亞太組（AP-EMBA）與95學年度開始成立的商管專業學院企業管理碩士學程（MBA）。
工商管理學系並於92學年度成立博士班，今擬轉為直屬管理學院之博士學程。簡言之，長庚大學工商管理學系結合理論與實務，已具備從大學部至博士班之完整管理學程。