1.規劃完整的中醫與西醫課程，提供優良學習與研究環境，以訓練中醫藥、科技知識及現代醫學素養兼具的醫師。
2.延聘資深中醫教授蒞校演講，汲取其中醫臨床經驗與學術成果。
3.西醫課程（包括基礎、臨床學科及見、實習課程）與本院醫學系大致同步進行。
4.教學、研究、臨床與服務一體。
本系位於長庚校園內第二醫學大樓四樓，除了寬敞明亮的系務辦公區之外，為了提供完善的學習場所，設置了有「針傷科專業教室」，每兩名學生即有一張推拿床，並購入電針機、紅外線照射燈等輔助教具，該教室可供中醫傷科學和針灸學等課程使用，加強學生的實務訓練，以期將來為病患提供醫療照護時，已有充分的自身體會，藉由親身的體驗，為病患作最佳的醫療照護；同時，我們也規劃了「中藥學實習教室」，並購置中藥標準品二百餘種及飲片標本三百餘種，供中藥炮製學實習、方劑學實習及中藥學授課使用，並可作為藥膳教學、營養學實習使用；另外，特別購置中醫脈象模型手四套，提供16種基本脈象，作為學生學習脈診之用；為了加深學生對中藥學習的效果，並對一般民間藥用植物多一點認識，特別在本校醫學大樓前右側闢建中醫藥園──「耕心園」，由本系學生親手建設、栽植和維護；除了學校圖書館的中醫藥期刊和書籍之外，系上設有小型圖書室，便利師生借閱；除此之外，為了提供更優質的學習環境，深耕人文涵養，特別規劃了「中醫人文小站」，供師生使用。

為落實本系的成立宗旨，結合現代醫學與科技，以培育中西醫學兼備的中醫人才，「中醫系實驗室」則提供本系師生一個完備的研究環境；此外，經由廠商贊助，在系辦公區一隅成立簡易中藥局，提供常見的濃縮中藥粉，學生可仿效神農氏嚐百草的精神，親身體驗不同方、藥的「性、味、功效」，以印證並補充課堂所授，加深學習效果。

中國傳統醫學之博大精深，若能結合西方醫學科技，並培育新一代學子，共同發展與創造現代醫學之顛峰，必為全人類之萬福。因此，本系以「結合現代醫學科技研究中醫，使中、西醫互補不足，造福病患」發展之宗旨。並以 (1)傳承及發展傳統醫學；(2)培養優秀的中、西醫師及中醫藥研究人才；(3)促進中醫藥現代化為教育目標。