本系成立於民國79年，其設立宗旨乃是以預防醫學觀點，來探討並改善社區物理、化學、生物及社會環境等因素中任何可能危害健康之問題。以便即時擬定防範措施；並訓練學生具有多方位之知識才能，使其能以更宏觀之角度來解決公共衛生之相關問題。
本系初創時，篳路藍縷，幸有首任林隆堯主任的胼手胝足的開創，延攬各大學知名學者來校兼課並對首屆公衛同學逐一拜訪，說明公衛前途與發展，並以家庭式教育和同學一起成長，奠定了公衛系的基礎。

※民國79年，中山醫學大學公共衛生學系成立，核定名額為50名。      

※88學年度，本系進行分組，以『衛政與醫管』以及『環境與工業衛生』二組名稱分別各招收 一班學生，共100名。     

※90學年度，本校升格為中山醫學大學，本系隸屬於健康管理學院。

※91學年度，將『衛政與醫管』組改名為『健康管理』組，『環境與工業衛生』組改名為 『環境衛生』組；兩組各招收一班學生，每班招生五十名。  

※92學年度，於本學院營養科學研究所成立公共衛生組，每年招收三名碩士班研究生。  

※94學年度，成立中山醫學大學公共衛生學系碩士班；每年招收15名碩士班研究生。   

※96學年度，通過教育部委託財團法人高等教育評鑑中心基金會舉辦之大學校院系所評鑑。   

※99學年度，榮獲教育部通過准予100學年度成立公共衛生學系博士班；每年招收3名博士班研究生。       

※102學年度：本系博士班招收人數提升至6名。    

※102學年度：本系成立「學碩士五年一貫學位」，以期達到連續學習之效果及縮短修業年限之目的。 

※102學年度：本系學士班、碩士班、博士班通過102上通識教育暨第二週期系所評鑑之認可。