大學部
1.培養健康醫學與應用化學跨領域之人才
2.具備資料檢索能力與醫學人文素養
3.擁有溝通與團隊合作之精神

碩士班
1.培養進階健康醫學與應用化學跨領域之高級專業知識人才
2.具備獨立研究與資料檢索之整合能力
3.擁有國際視野與產學合作能力

本系在醫學大學內設立，醫學基礎教育的薰陶將是本系在化學教育外的一大特色，目標在培養學生具備基礎化學知識外，期能將化學應用在醫藥、生醫感測、藥妝品與保健科技上，以因應跨領域科技產業人才之需求。因此，以課程規劃及提昇教學品質為主要的方向，分別開設不同領域之選修課目，由學生依自己的興趣與未來的規劃選擇適合的科目研讀；在發展策略方面，配合本校原先所具備的醫學教育背景，以課程整合及學術與實務並重之教學理念規劃，善加利用現有之空間及各項資源以落實學習成效，增進學生的學習效果與就業機會。因此，本系規畫三大培育特域特色：

一、尖端化學人才及生醫科技研發人才之培育。（如：半導體工業，奈米科技，醫用材料)
二、健康醫學與保健科技相關領域人才之培育。(如：天然物化學，藥妝品科技及藥物化學)
三、高端化學相關領域技術人才之培育。

另外，本校因地處臺灣中部，鄰近有中部科學園區，政府將此園區發展地位定位為全球高科技產業園區，將由半導體及生物技術等產業進駐。因此，本系的課程規劃與發展方向皆配合國家發展方向與業界之人才需求。同時，在本校原有之豐富的醫學教育與一貫務實的教學理念配合之下，讓本系學生更能有充份的機會選修其他學系(所)的學科，充實自己在醫學相關知識領域的見聞，對日後投入化學相關產業時，更能與生命科學或健康醫學領域之工作伙伴契合，貢獻在應用化學領域上的專長，共同創造健康醫學與應用化學相關產業更燦爛的明天。

奠定化學基礎專業知識與實驗技能，並結合醫學相關知識，培育具有化學專業之研發人才及健康醫學跨領域人才堤供多元學習環境，括展進修領域，造就具備表達、組織、應用能力與國際觀之高級專業人才