本系之課程規劃強調數理及軟體設計技術課程。數理課程用意在培養學生抽象思考與解決問題能力，並可將學得之數學知識應用於軟體設計上。軟體設計課程除加強基本程式設計與系統分析能力外，並開設軟體開發方法、資訊系統架構、設計模式、人機介面 設計、軟體開發 專案管理、軟體成熟度評估等進階課程。因此，軟體工程系將以培養高級軟體開發與管理人才為發展特色，以軟體技術研發為主軸，希望能結合本校其他系所共同開發軟體應用。

大學部日間研究所
1. 培養具競爭力軟體設計、開發及應用之人才。
2. 培養具獨立思考、自我學習及跨領域思考能力之資訊人才。
3. 培養具社會關懷、國際觀及溝通能力之資訊人才。
4.培養具多元就業力之人才。

碩士在職專班
1. 培養具競爭力跨領域軟體應用之人才。
2. 培養具獨立思考及資訊決策支援能力素養之資訊人才。
3. 培養具企業營運管理能力之高階人才。
4.培養具前瞻與創意思維之專案開發領導人才。
5. 培養具國際觀之資訊管理人才。