本系於民國六十一年八月成立，每年招收新生一班，民國七十年八月增設夜間部在職教師進修班，招收新生一班，之後未再續招。民國八十四年成立碩士班，民國八十八年成立教師在職進修碩士學位班。民國八十八年成立二技應用電子組，並於九十五學年度將二技應用電子組成功轉型，成立電子工程學系。九十六學年度獲准成立博士班。一O五學年度成立碩士在職專班，同年教師在職進修碩士學位班停招。

本系成立迄今四十多年，經歷任黃冠飛主任、黃湘武主任、劉謹輔主任、陳忠志主任、江新合主任、連坤德主任、周建和主任、杜鴻模主任、郭榮升主任、何明宗主任、林財庫主任、李孟恩主任、任中元主任及黃建文主任等多位主任的努力推動下，使本系不論在師資內容，軟硬體設施，教學及研究方面，皆有持續的進步與發展，使本系具有相當完整的規模。

連坤德主任對於推動系務制度化不遺餘力，同時並擬定計畫積極爭取成立物理研究所。民國84年物理所碩士班奉准成立，招收新生；透過本所之開辦，不但提供國、高中物理教師進修管道，更能培養從事學術研究及物理專業師資之優秀人才，進而提升南部物理教師之專業能力。